Trotz aller Erfolge hinsichtlich der gesellschaftlichen Anerkennung und der Entschädigungszahlungen war Eberhard Brünen alles andere als zufrieden mit der geleisteten Wiedergutmachung. Dabei kritisierte er auch die Haltung einiger Parteigenossen. So warf er beispielsweise Ministerpräsident Heinz Kühn vor, der selbst eine Verfolgungsbiografie hatte, sich kaum für die Belange der ehemals NS-Verfolgten eingesetzt zu haben.6 Zudem kritisierte Brünen den antikommunistischen Kurs der SPD. Er selbst hielt Kontakt zu Kommunisten, die ebenfalls unter dem NS-Regime gelitten hatten. Derlei Aktionen führten mehrfach zu heftigen Konflikten. In einem internen SPD-Schreiben wurde Brünens Verhalten als „oftmals parteistörend bzw. parteischädigend“7 beschrieben. Nachdem er am 30. Oktober 1980 in Duisburg nach einem kurzen Leiden gestorben war, hieß es in einem seiner Nachrufe: „Vital, leidenschaftlich engagiert, auch für seine politischen Freunde nie bequem, ging […] Eberhard Brünen […] seinen Weg. […] An Mut hat es ihm nie gemangelt, wenn es hieß, einen Standpunkt zu vertreten.“8 Für seine Verdienste in der Kommunalpolitik wurde Eberhard Brünen von der Stadt Duisburg zum Stadtältesten ernannt sowie mit dem Ehrenring, der Stadt- und Mercatorplakette ausgezeichnet.9